Je préfère écrire la réponse ici, et pas en commentaire à la précédente entrée.

Après avoir un petit peu plus cherché (c'est facile, quand on connait plus précisément le problème), il apparait que je ne suis pas le seul à avoir ce problème. Et il existe visiblement une solution un peu plus simple que celle que j'ai indiquée précédemment. Il suffit d'ajouter au début du fichier .tex :

\pdfpagewidth=8.5 true in
\pdfpageheight=11 true in

Ce qui est dommage, c'est que les développeurs n'ont pas l'air de saisir qu'une option de ligne de commande serait utile pour cela... (mais il est vrai que beaucoup d'autres options méritent aussi d'être en ligne de commande).